特别篇继续延续着第一季的故事。没有听从指挥的实习生五人组蓝泽耕作（山下智久 饰）、白石惠（新垣结衣 饰）、绯山美帆子（户田惠梨香 饰）、冴岛遥（比嘉爱末 饰）和藤川一男（浅利阳介 饰）被要求停止工作一周进行反思。这一周里，五人各进行着不一样的事情。因为上一季的意外事故，失去右手的黑田医生（柳叶敏郎 饰）则开始进行康复训练。 回归岗位后的五人组，遇到了列车出轨事故。列车上乘客众多，死伤惨重。实习生们和医生分批乘坐救援飞机奔赴现场。现场一片混乱，生与死的搏斗场，让实习生们只能争分夺秒。并且，灾难似乎也在慢慢靠近实习生中的一员……
Ryu（申河均饰）是名聋哑青年，自父母去世一直和姐姐相依为命。在特殊学校里，他遇上了装作失聪的女友（裴斗娜饰），二人感情发展不错。可是姐姐却患上了绝症，需要移植肾脏以维持生命。 他本想通过黑市以自己肾脏换取适合姐姐移植用的肾脏，却遭诈骗，损失自己肾脏外，还被骗去所有的钱。当有合适姐姐的肾脏时，他却没有医药费。女友提议他去绑架有钱人的小孩再索取赎金，并说这种绑架不算是罪过。 他们看上了工厂老板东劲（宋康昊饰）的女儿，对离了婚的东劲而言，生命中最重要的就是女儿。遭绑架后，他并没有报警而是准备赎金以求换回女儿，但故事并没有朝好的方向走去…
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1910年哈尔滨爆发了一场百年不遇的鼠疫。这个城市无法再恢复原来的繁荣面貌了，从发病起，每天死的人从1个发展到180个，整个城市恐慌了。伍连德抵达哈尔滨后也被灾情的严重所震惊，经过3个月的调查研究